香港特區政府除了由政府部門執行政策外，還有不少公營機構，負責政府認為較需要社會人士參與的工作。這些機構由特區政府出資成立及資助，但不屬於政府體制，較政府部門有較多的自主權，如管理全香港所有公立醫院的醫院管理局、協助香港工業發展的香港生產力促進局等。
其餘原隸屬布政司署的決策科或資源科（如：布政司署運輸科、布政司署保安科等）均改稱決策局或資源局（運輸局、保安局）
特區政府今天起展開香港首個五年規劃公眾諮詢，這是一個歷史性的時刻，標誌着香港邁向更具前瞻性、更貼近國家發展大局的規劃模式。編制香港首份五年規劃，不單是特區政府的工作，更應該是市民的責任與機遇。香港五年規劃的編制，必須匯聚市民的智慧與意見，才能真正成為屬於香港的藍圖。
公務員事務局負責香港公務員隊伍的整體管理和發展。其中三份重要文件:《公務人員（管理）命令》、《公務人員（紀律）規例》和《公務員事務規例》列出管理公務員權力的來源及執行管理工作的架構。紀律部隊人員的品行和紀律，亦受到有關紀律部隊法例的規管。
明萬曆元年東莞縣分拆新安縣以後(除清初遷界時期外)，今香港全境受位於今深圳南頭的廣東新安縣延福鄉管轄。
第三層是部門，是政府政策的執行部門，由首長級公務員領導，例如衞生署、警務處、社會福利署、建築署等。
第一層是司長和副司長，即政務司司長及政務司副司長、財政司司長及財政司副司長、律政司司長及律政司副司長。他們均是最高級主要官員，職能類似英國政府的內閣重臣，負責制訂香港特區政府最重要的政策方向和政治決定，並直接向行政長官負責，三位司長可以署理行政長官職務。
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我在香港回归祖国二十五周年、社会踏上由治及兴新征程的关键时刻，当选及获中央人民政府任命为香港特别行政区第六任行政长官，深感荣幸，亦知责任重大。我将全力以赴，带领第六届特区政府严格按照《基本法》全面准确落实「一国两制」、「港人治港」、高度自治方针。
其餘原隸屬布政司署的決策科（如：布政司署運輸科、布政司署保全科等）均改稱局（運輸局、保全局）；其首長由司（運輸司、保全司）改稱局長（運輸局局長、保全局局長）
香港機場管理局 - 香港考試及評核局 - 香港學術及職業資歷評審局- 廣播事務管理局 - 醫院管理局 - 市區重建局 - 法律援助服務局 - 職業訓練局 - 職業安全健康局 - 雇員再培訓局 - 職業性失聰補償管理局 - 強制性公積金計畫管理局 - 人類生殖科技管理局 - 工程師註冊管理局- 測量師註冊管理局 - 規劃師註冊管理局 - 園景師註冊管理局 - 房屋經理註冊管理局 - 建造業工人註冊管理局 - 建築師註冊管理局 - 社會工作者註冊局 - 香港助產士管理局 - 脊醫管理局 - 獸醫管理局 - 地產代理監管局 - 空運牌照局 - 恩恤金評議局 - 酒牌局 - 財務匯報局 - 輔助醫療業管理局 - 輻射管理局 - 藥劑業及毒藥管理局 - 香港出口信用保險局 - 香港生產力促進局 - 香港物流發展局 - 香港旅遊發展局 - 香港貿易發展局- 香港航運發展局 - 香港港口發展局 - 香港藝術發展局 - 香港電影發展局 - 西九文化區管理局 - 香港獎券管理局- 香港康體發展局
《公務員事務規例》是行政長官制定或授權制定的行政規例。這套規例詳列了公務員事務局局長以及各部門或職系首長執行對公務員隊伍的日常管理工作的權力、公務人員的聘用條款和服務條件，以及在紀律和工作表現方面應該符合的標準，是管職雙方在公務員的日常管理上主要的參考依據。公務員事務局會發出各種通告及通函，以對各條規例作出補充和闡釋。公務員事務局局長獲得授權，可以修訂、補充、施行、解釋和批准豁免遵行《公務員事務規例》。
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香港特別行政區政府組織圖（繁體 （页面存档备份，存于互联网档案馆）、簡體 （页面存档备份，存于互联网档案馆））